HolomiRA: a reproducible pipeline for miRNA binding site prediction in microbial genomes. - Bruscadin, Jennifer Jessica; Cardoso, Tainã Figueiredo; Conteville, Liliane Costa; da Silva, Juliana Virginio; Ibelli, Adriana Mércia Guaratini; Pena, Gabriel Alexander Colmenarez; Porto, Thanny; de Oliveira, Priscila Silva Neubern; Andrade, Bruno Gabriel Nascimento; Zerlotini, Adhemar; Regitano, Luciana Correia de Almeida (BMC Bioinformatics, 2025)