A bioinformatics pipeline for Mycobacterium tuberculosis sequencing that cleans contaminant reads from sputum samples.
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| Title: | A bioinformatics pipeline for Mycobacterium tuberculosis sequencing that cleans contaminant reads from sputum samples. |
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| Authors: | Cuevas-Córdoba B; Laboratorio de Farmacogenómica, Instituto Nacional de Medicina Genómica (INMEGEN), Ciudad de México, México.; Instituto de Investigaciones Biológicas, Universidad Veracruzana, Xalapa, Veracruz, México., Fresno C; Departamento de Desarrollo Tecnológico, Instituto Nacional de Medicina Genómica (INMEGEN), Ciudad de México, México., Haase-Hernández JI; Departamento de Desarrollo Tecnológico, Instituto Nacional de Medicina Genómica (INMEGEN), Ciudad de México, México., Barbosa-Amezcua M; Laboratorio de Farmacogenómica, Instituto Nacional de Medicina Genómica (INMEGEN), Ciudad de México, México., Mata-Rocha M; Laboratorio de Farmacogenómica, Instituto Nacional de Medicina Genómica (INMEGEN), Ciudad de México, México., Muñoz-Torrico M; Clínica de Tuberculosis y Enfermedades Pleurales, Instituto Nacional de Enfermedades Respiratorias (INER), Ciudad de México, México., Salazar-Lezama MA; Clínica de Tuberculosis y Enfermedades Pleurales, Instituto Nacional de Enfermedades Respiratorias (INER), Ciudad de México, México., Martínez-Orozco JA; Clínica de Tuberculosis y Enfermedades Pleurales, Instituto Nacional de Enfermedades Respiratorias (INER), Ciudad de México, México., Narváez-Díaz LA; Clínica de Tuberculosis y Enfermedades Pleurales, Instituto Nacional de Enfermedades Respiratorias (INER), Ciudad de México, México., Salas-Hernández J; Clínica de Tuberculosis y Enfermedades Pleurales, Instituto Nacional de Enfermedades Respiratorias (INER), Ciudad de México, México., González-Covarrubias V; Laboratorio de Farmacogenómica, Instituto Nacional de Medicina Genómica (INMEGEN), Ciudad de México, México., Soberón X; Laboratorio de Farmacogenómica, Instituto Nacional de Medicina Genómica (INMEGEN), Ciudad de México, México. |
| Source: | PloS one [PLoS One] 2021 Oct 26; Vol. 16 (10), pp. e0258774. Date of Electronic Publication: 2021 Oct 26 (Print Publication: 2021). |
| Publication Type: | Journal Article; Research Support, Non-U.S. Gov't |
| Journal Info: | Publisher: Public Library of Science Country of Publication: United States NLM ID: 101285081 Publication Model: eCollection Cited Medium: Internet ISSN: 1932-6203 (Electronic) Linking ISSN: 19326203 NLM ISO Abbreviation: PLoS One Subsets: MEDLINE |
| Database: | MEDLINE Ultimate |
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| ISSN: | 1932-6203 |
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| DOI: | 10.1371/journal.pone.0258774 |
