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Prospective multicentre study of upper respiratory mucosal transcriptomics reveals two major endotypes of critically ill COVID-19 patients.

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Title: Prospective multicentre study of upper respiratory mucosal transcriptomics reveals two major endotypes of critically ill COVID-19 patients.
Authors: Bay P; Service de Médecine Intensive Réanimation, DMU Médecine, Hôpitaux Universitaires Henri Mondor, AP-HP (Assistance Publique-Hôpitaux de Paris), Créteil, France. pierre.bay@aphp.fr.; GRC CARMAS, Faculté de Santé de Créteil, UPEC (Université Paris-Est-Créteil), Créteil, France. pierre.bay@aphp.fr.; Université Paris-Est-Créteil (UPEC), Créteil, France. pierre.bay@aphp.fr.; IMRB INSERM U955, Team «Viruses, Hepatology, Cancer», Créteil, France. pierre.bay@aphp.fr., Boizeau L; Plateforme de Génomique, Hôpitaux Universitaires Henri Mondor, AP-HP (Assistance Publique-Hôpitaux de Paris), IMRB (Institut Mondor de Recherche Biomédicale), Créteil, France., Préau S; U1167 - RID-AGE Facteurs de Risque et Déterminants Moléculaires des Maladies Liées au Vieillissement, University Lille, Inserm, CHU Lille, Institut Pasteur de Lille, Lille, France., Favory R; U1167 - RID-AGE Facteurs de Risque et Déterminants Moléculaires des Maladies Liées au Vieillissement, University Lille, Inserm, CHU Lille, Institut Pasteur de Lille, Lille, France., Guigon A; Service de virologie, CHU de Lille, Lille, France., Heming N; Médecine Intensive Réanimation, Hôpital Raymond Poincaré, Assistance Publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP), Garches, France., Gault E; Laboratoire de Virologie, Hôpital Ambroise Paré, Assistance Publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP), Boulogne, France., Pham T; GRC CARMAS, Faculté de Santé de Créteil, UPEC (Université Paris-Est-Créteil), Créteil, France.; Service de Médecine Intensive-Réanimation, Assistance Publique - Hôpitaux de Paris, Hôpital de Bicêtre, DMU 4 CORREVE Maladies du Cœur et des Vaisseaux, FHU Sepsis, Le Kremlin-Bicêtre, France.; Inserm U1018, Equipe d'Epidémiologie respiratoire intégrative, CESP, Villejuif, France., Chaghouri A; Laboratoire de Virologie, Hôpital Paul Brousse, Assistance Publique - Hôpitaux de Paris, Villejuif, France., Turpin M; Sorbonne Université, Centre de Recherche Saint-Antoine INSERM, Médecine Intensive Réanimation, Hôpital Tenon, Assistance Publique - Hôpitaux de Paris, Paris, France., Morand-Joubert L; Sorbonne Université, INSERM, Institut Pierre Louis d'Epidémiologie et de Santé Publique, Paris, France.; Laboratoire de virologie, Hôpital Saint-Antoine, Assistance Publique - Hôpitaux de Paris, Paris, France., Jochmans S; Service de Réanimation Polyvalente, Hôpital Marc Jacquet, Melun, France., Pitsch A; Laboratoire de Microbiologie, Hôpital Marc Jacquet, Melun, France., Joseph A; Service de Réanimation médico-chirurgicale, Assistance Publique-Hôpitaux de Paris, Hôpital Ambroise Paré, Boulogne, France., Contou D; Service de Réanimation, Hôpital Victor Dupouy, Argenteuil, France., Henry A; Service de Virologie, Hôpital Victor Dupouy, Argenteuil, France., Roux D; AP-HP, Hôpital Louis Mourier, DMU ESPRIT, , Service de Médecine Intensive Réanimation, Colombes, France.; Université Paris Cité, INSERM UMR-S1151, CNRS UMR-S8253, Institut Necker Enfants Malades, Paris, France., Le Hingrat Q; Université Paris Cité, IAME INSERM UMR 1137, Service de Virologie, Hôpital Bichat-Claude Bernard, Assistance Publique - Hôpitaux de Paris, Paris, France., Guillon A; Service de Médecine Intensive Réanimation, CHU Tours, Université de Tours, Inserm U1100, Centre d'Etudes des Pathologies Respiratoires (CEPR), Tours, France., Handala L; INSERM U1259, Université de Tours, Tours, France, CHRU de Tours, National Reference Center for HIV-Associated Laboratory, Tours, France., Caruso S; Université Paris-Est-Créteil (UPEC), Créteil, France.; Département de Pathologie, Hôpitaux Universitaires Henri Mondor, AP-HP (Assistance Publique-Hôpitaux de Paris), Créteil, France., Ader M; Department of Virology, Hôpitaux Universitaires Henri Mondor, Assistance Publique - Hôpitaux de Paris, Créteil, France., Soulier A; Department of Virology, Hôpitaux Universitaires Henri Mondor, Assistance Publique - Hôpitaux de Paris, Créteil, France., Pawlotsky JM; Université Paris-Est-Créteil (UPEC), Créteil, France.; IMRB INSERM U955, Team «Viruses, Hepatology, Cancer», Créteil, France.; Department of Virology, Hôpitaux Universitaires Henri Mondor, Assistance Publique - Hôpitaux de Paris, Créteil, France., Rodriguez C; Université Paris-Est-Créteil (UPEC), Créteil, France.; IMRB INSERM U955, Team «Viruses, Hepatology, Cancer», Créteil, France.; Plateforme de Génomique, Hôpitaux Universitaires Henri Mondor, AP-HP (Assistance Publique-Hôpitaux de Paris), IMRB (Institut Mondor de Recherche Biomédicale), Créteil, France., de Prost N; Service de Médecine Intensive Réanimation, DMU Médecine, Hôpitaux Universitaires Henri Mondor, AP-HP (Assistance Publique-Hôpitaux de Paris), Créteil, France.; GRC CARMAS, Faculté de Santé de Créteil, UPEC (Université Paris-Est-Créteil), Créteil, France.; Université Paris-Est-Créteil (UPEC), Créteil, France.; IMRB INSERM U955, Team «Viruses, Hepatology, Cancer», Créteil, France., Fourati S; Université Paris-Est-Créteil (UPEC), Créteil, France.; IMRB INSERM U955, Team «Viruses, Hepatology, Cancer», Créteil, France.; Department of Virology, Hôpitaux Universitaires Henri Mondor, Assistance Publique - Hôpitaux de Paris, Créteil, France.
Source: Communications medicine [Commun Med (Lond)] 2026 Mar 09; Vol. 6 (1). Date of Electronic Publication: 2026 Mar 09.
Publication Type: Journal Article
Journal Info: Publisher: Nature Portfolio Country of Publication: England NLM ID: 9918250414506676 Publication Model: Electronic Cited Medium: Internet ISSN: 2730-664X (Electronic) Linking ISSN: 2730664X NLM ISO Abbreviation: Commun Med (Lond) Subsets: PubMed not MEDLINE
Database: MEDLINE Ultimate
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ISSN:2730-664X
DOI:10.1038/s43856-026-01474-0